La Station Marine d'Endoume est, avec Luminy, l'un des deux sites principaux du Centre d'Océanologie de Marseille.
Son originalité est que, les pieds dans l'eau, elle permet un accès direct au milieu, non seulement pour des expérimentations en direct, le pompage d'eau de mer, mais aussi la récolte de matériel vivant ou l'observation à long terme des caractéristiques de l'eau de mer.

Pour la Station Marine d'Endoume c'est une tradition.
Dès 1889, A.-F. Marion, le créateur de la Station Marine, demandait à faire classer l'anse des Cuivres, où est située la Station, comme réserve. De la même façon il expliquait (déjà !) la nécessité de délimiter dans le golfe de Marseille des "cantonnements de réserve", zones protégées destinées à augmenter les populations de poissons.
Mais, comme le faisait encore ce précurseur, aujourd'hui encore cet accès à la mer sert aussi de base pour développer la recherche fondamentale :
- actuellement, aux pieds de la Station Marine, dans l'anse des cuivres (réserve biologique depuis 1961), sont suivies, depuis 1994, toutes les demi-heures, les caractéristiques de l'eau de mer : température, salinité, oxygène, etc... (voir Service d'Observation du COM) ;
- d'autres expériences sont en cours, comme le recrutement d'oursins, l'étude des variations saisonnières des algues, etc...

Les chercheurs de la Station Marine d'Endoume ont toujours travaillé sur des sujets de recherche fondamentale (comme l'étude de différents groupes d'organismes, la production planctonique, ...) mais aussi sur des sujets concernant la protection de l'environnement dans notre région (influence des rejets de l'égout de Cortiou, invasion de Caulerpa taxifolia, influence du Rhône, etc...).

C'est aussi cela le rayonnement scientifique et culturel de la Station Marine d'Endoume.